A coordenação da pós-graduação da FEQ é exercida por um professor integrante do quadro permanente da FEQ e é indicado pelo diretor da Faculdade após consulta aos pares.
A secretaria da pós-graduação da FEQ tem a função de conduzir os processos administrativos e acadêmicos do PPG-FEQ e prestar os esclarecimentos necessários de acordo com a demanda dos estudantes.